Die Umgebung der Schulanlage Nägelimoos wird geprägt, durch eine charakteristische Kulturlandschaft mit Wald, Feldhecken, markanten Einzelbäumen und weitläufigen, landwirtschaftlich genutzten Freiflächen. Das Landschaftsbild wird angereichert durch das Biotop Nägelimoos, als Relikt einer Naturlandschaft, sowie der Präsenz des Siedlungsraum an der peripheren Lage der Schulanlage am Stadtrand von Kloten. Die Verortung der Schulanlage am Hochpunkt einer topografischen Hanglage, am Waldrand, inszeniert die landschaftlichen Werte und definiert die Schulanlage als Ort mit eigenständiger Identität.
Die Primarschule und Sekundarschule finden ihren neuen Schulraum vereint in einem Gebäude. Die klare Setzung mit dem langen Baukörper spannt gegen Nordosten einen grosszügigen Aussenraum zum Wald auf und nutzt gegen Südwesten das Potenzial der eindrücklichen Aussicht Richtung Zentrum Kloten. Die waldseitige Flucht des Bestandes von 2010 wird fortgeführt, wodurch südlich ein grosszügiger Platz als Hauptadressierung für die Schulanlage Nägelimoos entsteht und nördlich zwischen Gebäude und Wald topografisch einladende Aussenräume entstehen. Ein begehbares Vordach verbindet den Bestand mit dem Neubau.

Der Neubau integriert sich so in das Terrain, dass drei der sechs Geschosse ebenerdig erschlossen werden können. An den Längsfassaden sind je zwei Eingänge auf unterschiedlichen Niveaus angeordnet. Südwestseitig schliesst ein begehbares Vordach an den Bestand von 2010 an. Die öffentlichen Singsäle sind in der Gebäudestirn angeordnet. Der Zweite südwestseitige Eingang dient sowohl der Erschliessung von Schulraum, als auch der Turnhalle mit Garderoben. Der Sportbereich kann von der restlichen Schule autonom funktionieren. Nordostseitig sind die Zugänge separiert in Primar -und Sekundarschule mit den spezifisch dazugehörenden Aussenräumen.
Primar- und Sekundarschule funktionieren räumlich autonom. Über grosszügige Foyers gelangt man in die jeweiligen Treppenhäus. Die vertikale Erschliessung von Primar- und Sekundarschule sind im selben Treppenhaus organisiert, aber räumlich voneinander getrennt. Die Erschliessungstypologie der Doppelhelix ist flächeneffizient und ermöglicht eine spannende innere Abwicklung in der Vertikalen. Gegen die obereren Geschosse löst sich die Treppenanlage in mehrgeschossige Erschliessungsräume auf. Die hellen Unterrichtsräume richten sich geschossweise abwechselnd nach Nordost zum Wald hin oder nach Südwest in Richtung Zentrum Kloten.